Por si no te gusta mucho la consola (desde la cual se podría hacer esta operación, por supuesto), e incluso para crear o deshacer particiones dentro del pendrive, y formatearlas por separado, lo mejor es usar el propio editor de particiones de UBUNTU (Administración/editor de particiones en UBUNTU 8.04), seleccionando el dispositivo del pendrive en la pestaña arriba a la derecha. Antes de nada, hay que desmontar la partición que se quiera formatear o borrar (en el menú del editor de particiones, partición/desmontar). Luego ya puedes borrar la partición, crear nuevas, mandar que se formatee, etc.
Para usar el pendrive con windows y linux utilizar el tipo FAT32.
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